中國電子口岸數據中心是海關總署、對外經濟貿易合作部、國家稅務總局、中國人民銀行、國家外匯管理局、國家出入境檢驗檢疫局、國家工商行政管理局、公安部、交通部、鐵道部、民航總局、信息產業部等12個部委，利用現代信息技術，借助國家電信公網，在互聯網上建立的公共數據中心和數據交換平臺。
中國電子口岸數據中心深圳分中心（以下簡稱"深圳分中心"），于2003年3月7日正式成立，是中國電子口岸數據中心在全國41個分支機構之一，具有獨立法人資格，經費獨立核算，深圳分中心的主要職責如下：
一、實現深圳地區各有關部門間與大通關流程相關的數據共享和聯網核查。
二、規范電子口岸數據交換標準，將大通關核心流程及相關的物流商務服務程序整合到統一的信息平臺，實現全國“統一認證、統一標準、統一品牌”，為企業進出口通關提供“一卡通”、“一站式”服務。
三、承擔電子口岸的統一身份認證業務，推進電子口岸平臺建設。
四、建立完善數據公開、使用授權和信息安全管理辦法，加強系統的安全管理工作，健全應急機制，確保系統的安全穩定運行。
五、承辦深圳關區政務卡、企業卡的錄入、制作等項工作。
六、負責深圳地區中國電子口岸應用項目及聯網企業的技術支持、操作培訓、熱線咨詢，及時收集、報告項目運行情況及各方反映。
七、負責深圳地區用戶集中托管服務器的運行、維護管理。
八、承接其他應用軟件開發及技術服務工作。
九、負責深圳地區電子口岸的職能及相關承建工作。
十、承辦中國電子口岸數據中心交辦的其他事項。