平行志愿投檔規則是：分數優先，遵循志愿。例如，本科一批招辦投檔開始，計算機進行檢索時，不分院校而是分文科、理科按考生成績進行排位，然后由計算機按排位高低次序依次檢索每個考生所填報的志愿，即遵循“分數優先”的原則。當檢索到某個考生所填報的志愿時，計算機同時分析判斷該考生填報的bcdef六個志愿院校的預投放檔案數是否已經達到應投檔案數上限（分科類應投檔案數=分科類的計劃數×投檔比例）判斷的結果可分為以下三種，分別按以下方式處理：
（1）院校屈原中只有一個院校尚未滿額，則將考生檔案預投放到該院校；
（2）考生所填報院校中有多個院校尚未滿格，則將考生檔案預投放到按abcdef順序排序靠前的那所院校，及對考生來說，所填報的志愿是有順序的，當符合多所院校的投檔條件時，計算機總把檔案預投放到最靠前的那個志愿院校，體現“遵循志愿”原則；
（3）考生所填報的所有院校的預投放檔案數已達到或超過應投檔案數，則該考生檔案無法投出，這種現象就是我們平時說的“滑檔”，滑檔后只能參加當批次的征集志愿或下一批次錄取。

無論計算機分析判斷的結果是上述哪一種，對這個考生來說，考生檔案檢索過程結束，等待所有考生檢索完畢，計算機將一次性正式投檔給各個院校。
平行的另一個含意是，對招生院校而言，不管考生是被投到abcd哪個院校，都是學校的一志愿考生。

例如，平行志愿模式下，輪到張三時，計算機同時檢索張三所填報的abcdef六個院校志愿，發現bcdef五所院校都未滿額，也就是說，張三符合bcdef五所院校的投檔條件。這時，計算機將把張三的檔案預投放到排序靠前的那所院校，也就是b院校。等待所有考生檢索完畢，計算機將一次性正式投檔給各個院校，張三的檔案將投給b院校。